Les présences connues d'épeautre les plus anciennes en Europe datent de la fin de l'âge de pierre (environ 2000 av. J.-C.) On suppose que l'épeautre est apparu suite au croisement naturel des deux céréales amidonnier et froment nain. A l'âge de bronze tardif (dès 1500 av. J.-C.), quand le climat devenait frais et plus humide, l'épeautre résistait et s'imposait de plus en plus.
Vers la fin de l'âge de bronze (1100-800 av. J.-C.), les régions de culture s'étendaient sur toute l'Europe, des Carpates jusqu'aux Vosges, de la Suède vers l'Angleterre jusqu'à loin dans le sud. Au temps de 800 av. J.-C. jusqu'à l'an 0, l'épeautre atteignait sa plus grande diffusion en Europe. Au début de la prédominance romaine, l'épeautre était cultivé surtout dans les provinces romaines au nord des Alpes. Pour les Germains, l'épeautre était la céréale la plus importante.
Dans le pays de Moselle, l'épeautre était cultivé dès 890 ap. J.-C. et pendant tout le Moyen âge. Là, l'abbesse Hildegard von Bingen doit avoir connu l'épeautre et a appris à l'estimer. Elle écrit: "l'épeautre est la meilleure céréale. Il est nourrissant et plein d'énergie. Il est plus doux que les autres espèces de céréales. L'épeautre apporte à celui qui le mange une bonne santé physique et morale." Le mot épeautre (Dinkel ) est souvent utilisé pour nommer des lieux comme Dinkelsbühl, Dinkelhausen, Dinkelacker et des noms de famille. Il est évident d'après d'anciens livres de comptes que l'épeautre était beaucoup cultivé en Suisse. L'épeautre était un moyen de paiement convoité pour les taxes et impôts des couvents et baillis.
Au 19ème siècle, les méthodes de culture subissent un grand changement. La mécanisation, l'utilisation d'engrais et de pesticides ainsi que la culture de nouvelles sortes de céréales plus prospères faisaient augmenter les récoltes. A partir de là, le froment progressait dans la région du nord des Alpes et produisait des revenus plus intéressants. En conséquence, l'épeautre était de moins en moins cultivé. De nouvelles cultures au début de ce siècle produisaient des variétés avec une plus haute valeur productive. Cependant, ces nouvelles céréales n'étaient pas capables de freiner la croissance du froment, d'entretien plus facile. Plus de 2000 ans après une culture importante, l'épeautre menaçait de disparaître à la fin du 20ème siècle.
L'épeautre a survécu grâce aux paysans et aux meuniers qui ne bénéficiaient pas de conditions climatiques pour cultiver d'autres variétés. Ils étaient contraints à mettre la qualité devant la quantité, à accepter de plus petits revenus et une plus grande charge de travail, c'est à dire en faveur des céréales de haute qualité. Et ce sont les consommateurs informés et critiques qui commencent de nouveau de plus en plus de s'inquiéter d'avoir une bonne alimentation. Grâce à ceux-ci, l'épeautre retrouve dans le 21ème siècle l'importance dont il a joui pendant trois millénaires: être un produit alimentaire précieux que nous offre la nature.